Tên thành phố phái sinh từ chữ Hals nghĩa là "cổ họng", có ý nói tới chỗ hẹp nhất của Eo biển Oresund giữa thành phố Helsingør (Đan Mạch) và thành phố Helsingborg của Thụy Điển. Tên thành phố được nêu lần đầu năm 1231, như 1 thị trấn buôn bán nhỏ gần Flynderborg. Nhà thờ thánh Olai được xây trong thế kỷ 13. Năm 1426 thành phố được vua Erik of Pommern cấp cho đặc quyền thương trấn. Cũng trong nửa đầu thế kỷ 15 thành phố phát đạt lên nhờ việc vua Đan Mạch đánh thuế các tàu đi qua Eo biển Oresund để vào Biển Baltic. Các tàu qua eo biển này phải ghé vào Helsingør đóng thuế, do đó họ mua đồ tiếp liệu luôn. Pháo đài Krogen được xây - cùng với pháo đài ở thành phố Helsingborg, thời đó thuộc Đan Mạch - để khống chế các tàu. Trong thế kỷ 16, pháo đài Krogen được xây lại thành lâu đài Kronborg.

Trong các năm 1710-1711 xảy ra 1 trận dịch hạch giết chết 1/3 cư dân.

Năm 1857 bãi bỏ sắc thuế đánh trên tàu bè, khiến cho kinh tế của thành phố bị khủng hoảng. Mãi tới năm 1882, khi nhà máy đóng tàu Helsingør Skibsværft og Maskinbyggeri A/S khai trương ở đây, dẫn tới việc công nghiệp hóa, kinh tế của thành phố mới phục hồi.

Năm 1892 mở tuyến tàu phà tới thành phố Helsingborg (Thụy Điển) và năm 1897 có tuyến đường sắt dọc bờ biển tới Helsingør.

Trong thập niên 1930 dân số tăng nhanh và tới thập niên 1970, diện tích thành phố tăng gấp 3 lần.